一 、运行管理费用大

因为高级别洁净室净化风量大，新风量也大，温湿度要求严格，所以空气热湿处理和空气输配的能量消耗大，耗电多，运行费用贵。 

二、建造投资费用高

高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，100级垂直单向流的洁净室，其室内装修（墙、顶、地、门、窗等、和空调净化系统（包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等、的初投资大约为1000元人民币/M2；如果加上纯水制备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统等等，其单位面积的建造投资费用要高达25000~30000元人民币/M2。

三、灵活适应性强

因为，科学技术的发展很快，高科技的产品不断出现，尤其是电子工业的发展更是日新月异像集成电路的发展2~3年就更新一代，TFT-LCD的发展更快1~2年就上一个台阶。这就要求为其服务的高级别的洁净室必须能适应其发展速度，有极好的灵活性和适应性。因为建造一个洁净厂房是百年大计，不是一、二年就会拆掉重建。因此，在设计和建造洁净厂房时，就要考虑到工艺的发展、变更，就要考虑到洁净厂房的灵活性和适应性。从一个洁净厂房的灵活适应角度，可将其分为三个层次，第一是不可变的部分。无论怎样改都不能改变的部分。如基础、梁、柱等结构部分；第二是可变但不容易变的部分。如洁净室的围护、装修等；第三是可变而且容易改变的部分。如动力、空气、水气体溶剂的供给部分和废气、废水、废料等排放部分。